L'Assemblea legislativa istituisce al suo interno tre Commissioni (Affari istituzionali e comunitari, Attività economiche e governo del territorio, Sanità e servizi sociali) e un Comitato permanente (Monitoraggio e la vigilanza sull'amministrazione regionale) che restano in carica trenta mesi. Ogni Consigliere fa parte di almeno una Commissione mentre non possono far parte di queste il Presidente dell'Assemblea, il Presidente della Giunta e gli altri Consiglieri componenti della Giunta. Le competenze di ciascuna Commissione e del Comitato sono stabilite nel Regolamento interno dell'Assemblea.
L'Assemblea può inoltre istituire: con legge, Commissioni speciali per lo svolgimento di indagini e di studi su temi specifici e, con propria deliberazione, commissioni d'inchiesta su materie d'interesse regionale.